Mikrobiyom sekanslama, bir organizmanın (insan, hayvan, bitki) içinde veya yüzeyinde bulunan mikroorganizmaların (bakteriler, arkealar, virüsler, mantarlar) genetik materyalini analiz etmek için kullanılan bir tekniktir. Bu süreç, mikrobiomun bileşimini, çeşitliliğini ve işlevini anlamaya yönelik önemli bilgiler sunar.