Sanger dizileme, HLA genlerini allel düzeyinde yüksek çözünürlükle belirlemek için kullanılan klasık bir yöntemdir. HLA tiplendirmede tarihsel olarak büyük önem taşımış olsa da, günümüzde yerini daha hızlı , yüksek kapasiteli ve yüksek çözünürlüklü yöntemlere bırakmıştır. Ancak , hassas doğrulama gerektiğinde hala kullanılmaktadır.