HLA, bağışıklık sisteminin temel bileşenlerinden biridir. HLA antijenleri, vücuda giren yabancı maddeleri tanımak ve bağışıklık yanıtını yönlendirmek için kullanılan proteinlerdir. HLA, vücudun her hücresinde bulunan moleküller aracılığıyla yabancı hücreleri tanıyan ve bağışıklık sistemini harekete geçiren bir yapıdadır. Bununla birlikte, bazı bireylerde HLA sistemindeki genetik farklılıklar, bağışıklık sisteminin otonom (kendi) dokulara saldırmasına yol açabilir, otoimmün hastalıklar ve bağışıklık sistemiyle ilişkili hastalıklar gibi durumlara neden olabilir.